AlphaFold - la solución al problema del plegamiento de proteínas

sduck4 · 2020-12-01T08:28:00+09:00

Un modelo de red neuronal desarrollado por DeepMind para resolver el problema del plegamiento de proteínas El problema del plegamiento de proteínas Las proteínas son estructuras complejas en las que los aminoácidos se conectan en forma de cadena y se pliegan en una estructura tridimensional Según los aminoácidos que componen la proteína y su estructura plegada, pueden desempeñar diversas funciones Sin embargo, es muy difícil predecir la estructura de una proteína basándose únicamente en la secuencia de aminoácidos AlphaFold Fue entrenado con aproximadamente 170,000 datos de estructuras de proteínas del Protein Data Bank, además de datos de proteínas cuya estructura aún no se conocía Se entrenó durante varias semanas usando alrededor de 128 núcleos TPUv3 CASP (Critical Assessment of protein Structure Prediction) Una competencia mundial de predicción de estructuras de proteínas que se celebra cada dos años desde 1994 Consiste en predecir la estructura de proteínas cuya estructura todavía no se conoce La versión inicial de AlphaFold participó en CASP13, celebrado en 2018 En CASP14, celebrado en 2020, AlphaFold obtuvo el primer lugar con un promedio de 92.4 GDT Esto equivale a un margen de error de aproximadamente el ancho de un átomo Efectos esperados y perspectivas Este año, AlphaFold predijo proteínas del coronavirus como ORF3a y ORF8 Se espera que en el futuro contribuya a resolver diversos problemas biológicos y al desarrollo de nuevos fármacos

(deepmind.com)

9 puntos por sduck4 2020-12-01 | 2 comentarios | Compartir por WhatsApp

Un modelo de red neuronal desarrollado por DeepMind para resolver el problema del plegamiento de proteínas

El problema del plegamiento de proteínas

Las proteínas son estructuras complejas en las que los aminoácidos se conectan en forma de cadena y se pliegan en una estructura tridimensional
Según los aminoácidos que componen la proteína y su estructura plegada, pueden desempeñar diversas funciones
Sin embargo, es muy difícil predecir la estructura de una proteína basándose únicamente en la secuencia de aminoácidos

AlphaFold

Fue entrenado con aproximadamente 170,000 datos de estructuras de proteínas del Protein Data Bank, además de datos de proteínas cuya estructura aún no se conocía
Se entrenó durante varias semanas usando alrededor de 128 núcleos TPUv3

CASP (Critical Assessment of protein Structure Prediction)

Una competencia mundial de predicción de estructuras de proteínas que se celebra cada dos años desde 1994
Consiste en predecir la estructura de proteínas cuya estructura todavía no se conoce
La versión inicial de AlphaFold participó en CASP13, celebrado en 2018
En CASP14, celebrado en 2020, AlphaFold obtuvo el primer lugar con un promedio de 92.4 GDT
Esto equivale a un margen de error de aproximadamente el ancho de un átomo

Efectos esperados y perspectivas

Este año, AlphaFold predijo proteínas del coronavirus como ORF3a y ORF8
Se espera que en el futuro contribuya a resolver diversos problemas biológicos y al desarrollo de nuevos fármacos

2 comentarios

ffdd270 2020-12-01

Habrá que cuidar bien la salud. Hasta que se haga realidad el sueño de prolongar la vida... Hay demasiadas cosas que quiero hacer en esta vida ;_ ;

xguru 2020-12-01

Leí un artículo que decía que usan proteínas para revertir el envejecimiento celular.

Parece que la inteligencia artificial podría hacer una gran contribución para cumplir el sueño de extender la vida.

Aparece una tecnología de “rejuvenecimiento celular inverso” que vuelve jóvenes otra vez las células de la piel envejecidas

http://m.dongascience.donga.com/news.php?idx=41855

Como estrategia para revertir el envejecimiento celular, la tecnología de “reprogramación” es la más estudiada. La reprogramación consiste en agregar cuatro tipos de proteínas llamadas “factores de transcripción de Yamanaka” a células que ya crecieron como tejidos corporales específicos, como las células de la piel, para devolverlas a un estado joven previo a su diferenciación en células específicas.