1 puntos por GN⁺ 2023-10-04 | 1 comentarios | Compartir por WhatsApp
  • La FDA autorizó el Invitae Common Hereditary Cancers Panel, abriendo la puerta a evaluar en sangre variantes de ADN en 47 genes asociadas con un mayor riesgo de cáncer
  • Esta autorización de comercialización de novo crea una nueva clasificación regulatoria, y los dispositivos posteriores del mismo tipo podrán seguir el proceso previo a la comercialización 510(k) de la FDA
  • La FDA estableció controles especiales que incluyen etiquetado y pruebas de desempeño, y exige altas tasas de concordancia positiva y negativa para la precisión del reporte de variantes clave
  • La prueba con receta se realiza con una extracción de sangre en el punto de atención y análisis en laboratorio; la interpretación de variantes usa literatura científica, bases de datos públicas, programas de predicción y la base de datos interna curada de Invitae
  • Los principales riesgos son los falsos positivos, falsos negativos y la mala interpretación de resultados; en particular, un falso negativo puede hacer que el paciente pierda vigilancia o manejo clínico necesarios

Autorización de la FDA y alcance de la prueba

  • La FDA aprobó el primer análisis de sangre que puede ayudar a identificar cientos de variantes hereditarias potencialmente relacionadas con el cáncer
  • El Invitae Common Hereditary Cancers Panel busca variantes de ADN en 47 genes asociadas con un mayor riesgo de desarrollar ciertos tipos de cáncer a partir de una muestra de sangre
  • Puede evaluar múltiples genes en una sola prueba y utiliza secuenciación de nueva generación (NGS)
  • Jeff Shuren, del Center for Devices and Radiological Health de la FDA, considera que la sensibilidad y velocidad de la NGS ayudan a aportar información sobre variantes genéticas

Nueva clasificación regulatoria y requisitos de desempeño

  • La FDA otorgó a esta prueba una autorización de comercialización de novo, creando una nueva clasificación regulatoria
  • Los dispositivos posteriores del mismo tipo podrán obtener autorización de comercialización a través del proceso previo a la comercialización 510(k) de la FDA
  • Junto con esta autorización De Novo, la FDA estableció controles especiales que definen requisitos relacionados con etiquetado y pruebas de desempeño
    • La precisión del reporte para sustituciones, inserciones/deleciones y variantes en el número de copias debe tener una concordancia positiva ≥99.0% frente a métodos ortogonales validados
    • La concordancia negativa para los mismos elementos debe ser ≥99.9%

Demanda de pruebas de cáncer hereditario y brecha de uso

  • Según los CDC, existen más de 100 tipos de cáncer, y es la segunda causa principal de muerte en Estados Unidos después de las enfermedades cardíacas
  • La cantidad de variantes de cáncer hereditario identificadas y las pruebas relacionadas sigue aumentando de forma constante
  • Sin embargo, el uso real de pruebas para estas variantes no ha aumentado de manera significativa

Flujo de atención y respuesta de los pacientes

  • Un equipo de investigación del University of Vermont Medical Center colaboró con Invitae para evaluar temprano a pacientes con cáncer avanzado y ofrecer asesoría genética cuando se confirmaban variantes genéticas patogénicas
  • En una presentación de ASCO se evaluó la satisfacción de pacientes y proveedores de atención médica con un proceso de prueba simplificado
    • Más del 94% de los pacientes valoró positivamente haber recibido la prueba durante una cita médica ya programada
    • El 82% de los participantes dijo sentirse seguro de haber entendido los resultados de la prueba

Modalidad de la prueba con receta e interpretación de variantes

  • La prueba con receta de Invitae consiste en recolectar la muestra en un punto de atención como el consultorio médico y enviarla al laboratorio
  • Para la interpretación clínica de variantes se usan las siguientes fuentes
    • literatura publicada
    • bases de datos públicas
    • programas de predicción
    • base de datos interna curada de variantes de Invitae
  • Los criterios de interpretación de variantes se basan en lineamientos establecidos por organismos profesionales o juntas de certificación

Genes principales y enfermedades relacionadas

  • Entre los genes clínicamente importantes identificados por la prueba están BRCA1 y BRCA2, asociados con el síndrome hereditario de cáncer de mama y ovario
  • Entre los genes relacionados con el síndrome de Lynch se incluyen MLH1, MSH2, MSH6, PMS2 y EPCAM
  • CDH1 se asocia principalmente con cáncer gástrico difuso hereditario y cáncer de mama lobulillar
  • STK11 se asocia con el síndrome de Peutz-Jeghers

Riesgos de la prueba y consideraciones clínicas

  • Los principales riesgos asociados con esta prueba son los falsos positivos, los falsos negativos y la mala interpretación de los resultados
  • Un resultado falso negativo puede dar al paciente una falsa sensación de tranquilidad
  • Los pacientes con falsos negativos podrían no recibir la vigilancia adecuada o el manejo clínico correspondiente

1 comentarios

 
GN⁺ 2023-10-04
Opiniones en Hacker News
  • Excelente noticia. Me hice la prueba de Invitae, motivado por este artículo: https://jakeseliger.com/2023/07/22/i-am-dying-of-squamous-ce...
    Según entiendo, obtener la aprobación de la FDA significa que puede haber cobertura del seguro
    Por lo que escuché de oncólogos, los análisis de sangre hoy son casi una tierra de nadie en el campo del perfilado del cáncer. Que se aprueben análisis de sangre como CARIS https://www.carislifesciences.com/products-and-services/mole... o Guardant360 https://guardanthealth.com/products/tests-for-patients-with-... parece importante desde la perspectiva del seguro

    • La aprobación de la FDA es apenas el primer paso para que los clínicos lo usen en la práctica y las aseguradoras reembolsen el costo
      Probablemente todavía falten unos 2 años, quizá más, para poder pedirle a un médico que lo indique y conseguir el reembolso del seguro
      Dicho eso, ahora legalmente se puede promocionar el producto y, en teoría, uno puede pagarlo de su bolsillo
    • La autorización de la FDA y la cobertura del seguro son cosas separadas. Conozco a un fabricante pequeño que lleva más de 3 años vendiendo un producto autorizado, y ninguna aseguradora lo cubre
      La cobertura es básicamente un juego de espera entre el fabricante y las aseguradoras. Si puedes aguantar con suficiente capital y construir relaciones con ejecutivos, puedes conseguir cobertura; si no, no es fácil
    • Puede que esto vaya en una dirección un poco descortés, pero me pregunto cómo está ahora. Si la situación mejoró
  • Para aclarar, esta prueba analiza 47 genes relacionados con un mayor riesgo de cáncer. A diferencia de análisis de sangre como Galleri, no es una prueba que te diga si tienes cáncer actualmente
    0: https://www.galleri.com/

    • Ya hay bastantes análisis de sangre que potencialmente pueden decir si tienes cáncer. Otro ejemplo es este: https://www.personalgenome.com/products/elio-plasma-resolve
      Lo que tienen en común es que todos son pruebas CLIA, no pruebas con aprobación de la FDA
      La prueba de Invitae del artículo original sí recibió aprobación de la FDA, y eso no es poca cosa. Es un proceso difícil y también le da mucho peso a la confiabilidad de la tecnología
      Si Grail hubiera podido conseguir la aprobación de la FDA para su prueba, ya lo habría hecho
    • No sé cuál de esas cosas puede traducirse en acciones concretas. Me pregunto si hay recomendaciones específicas además de “come bien, haz ejercicio y no fumes”
      Parece que podría simplemente generar ansiedad
  • Lo que más me preocupa de este tipo de pruebas es qué significaría, en el futuro, conocer tu propio perfil de riesgo para tu capacidad de contratar o mantener un seguro de salud, o para las primas. Vivo en Países Bajos, así que quizá no sea un gran problema, pero en Estados Unidos podría ser distinto y no sabemos qué pasará
    Por eso me dan menos ganas de hacerme pruebas así, o incluso ninguna

    • En Estados Unidos existe la Genetic Information Nondiscrimination Act, promulgada en 2008, que prohíbe la discriminación en seguros basada en información genética. Creo que se convertirá en una ley de referencia importante en los próximos 50 años, a medida que los análisis de sangre rutinarios —más precisamente, las pruebas genéticas— lleven la atención preventiva al siguiente nivel
      https://www.genome.gov/about-genomics/policy-issues/Genetic-...
    • En Estados Unidos no debería ser un problema. La ACA exige que las aseguradoras cubran también a personas con condiciones preexistentes
      La GINA que mencionó el comentario hermano también tiene que ver con esto, pero no recordaba bien el nombre
    • Me pregunto si esta información también podría impedir que alguien consiga empleo. Si hay dos candidatos iguales en todo lo demás, podría parecer que alguna empresa querría elegir a quien no tenga un riesgo alto de cáncer
    • En Estados Unidos, GINA debería protegerte en lo relativo al seguro de salud, pero no necesariamente se extiende a otros tipos de seguros
    • En un uso de ciencia ficción, un agente de pronóstico, diagnóstico y aprendizaje activo que extraiga información del expediente médico electrónico podría usar esto como probabilidad previa
      A un nivel tecnológico más bajo, si hay una variante relacionada con tumores de gran impacto, tú y tu médico estarán más atentos al monitoreo o las pruebas para ciertos cánceres
      Hay que recordar que, cuanto antes se detecta un cáncer, el pronóstico mejora de forma drástica
  • Invitae está haciendo un trabajo realmente bueno al comercializar pruebas genéticas diagnósticas de alta calidad y ofrecerlas directamente al consumidor a precios razonables. La usé para un tamizaje prenatal, y ofrecían a un precio razonable una prueba de ADN circulante que normalmente solo cubre el seguro en embarazos de edad materna avanzada
    Me gustaría que las aseguradoras cubrieran estas pruebas para que Invitae reciba una compensación más adecuada por lo que hace, pero el sistema de salud de Estados Unidos es realmente extraño
    Uno de los problemas de estas pruebas genéticas, especialmente en áreas como la farmacogenómica, es que los médicos todavía no han logrado integrarlas en la atención o en sus flujos de trabajo. Así que, incluso cuando reciben información accionable de la prueba, a veces no saben bien qué hacer en la práctica

    • Me pregunto qué casos de uso tienen las pruebas genéticas prenatales además de la eugenesia
  • Me hice una prueba de Invitae relacionada con FIV. Sinceramente, si esto es posible, se siente casi poco ético no verificar si tú y tu pareja no tienen una incompatibilidad genética lo bastante grave como para tener que sortearla mediante FIV

  • Es cierto eso de que hay que jugar con las cartas que te tocaron
    Pero está bien conocer tus probabilidades
    Lo mejor será cuando podamos tratar el cáncer y robar cartas nuevas

  • Enlace directo al anuncio de la FDA:
    https://www.fda.gov/news-events/press-announcements/fda-gran...

  • Es una gran noticia, pero ¿estos genes no se identifican también en pruebas de ADN de bajo costo como 23andMe? Tengo entendido que sí analizan variantes de BRCA1 y BRCA2
    O me pregunto si esta prueba incluye muchas más variantes

    • 23andMe revisa alrededor de 1 millón de puntos a lo largo de todo el genoma y usa correlaciones con variantes patogénicas conocidas. En cambio, la prueba de Invitae secuencia realmente las regiones codificantes de los genes relevantes y algunas zonas cercanas, por lo que puede detectar mutaciones raras[0]
      Además, Invitae dedica un esfuerzo enorme a determinar si ciertas variantes —variantes que muchísima gente tendrá— son benignas o patogénicas
      Invitae ha sostenido en particular que el enfoque tipo 23andMe pasaría por alto muchas variantes importantes en algunos grupos subrepresentados [1]
      Descargo de responsabilidad: fui empleado de Invitae y todavía conservo una cantidad de acciones que en algún momento fue bastante grande. Todas las opiniones son personales.
      [0] Quiere decir raras a escala poblacional. Como buena aproximación, cada persona tiene 0, 1 o 2 copias de un polimorfismo específico
      [1] https://www.biospace.com/article/invitae-challenges-accuracy...
    • Hay una gran diferencia entre lo que 23andMe incluye en su tecnología y sus reportes, y una solución de prueba médica realmente operable. Dicho eso, 23andMe también promociona que sus resultados son médicamente relevantes: https://www.23andme.com/brca/
      Durante un tiempo, solo Myriad podía hacer pruebas de BRCA1/2, porque tenía patentes sobre las secuencias genéticas reales. El caso llegó hasta la Corte Suprema, y el tribunal determinó que las secuencias de genes humanos no pueden patentarse
    • El enfoque es distinto. 23andMe también tiene una explicación breve sobre esto: https://customercare.23andme.com/hc/en-us/articles/202904600...
  • Invitae ha hecho un buen trabajo ampliando las pruebas genéticas y haciéndolas más accesibles, pero eligió una estrategia de alto crecimiento riesgosa y pagó el precio cuando cambió el entorno económico
    Espero que ese esfuerzo no desaparezca, aunque la empresa no sobreviva a largo plazo en su forma actual

  • La prueba Galleri de Grail detecta más de 40 tipos de cáncer mediante un análisis de sangre, y algunos incluso en etapas tan tempranas como la etapa 1
    Cuesta alrededor de 1000 dólares por prueba